在运用冷藏集装箱运输水果的时候，需求考虑到水果的呼吸作用和乙烯的催熟作用，从而要对冷藏集装箱内的温度加以控制。而气凋法是比较常用的一种办法，是指将果蔬用气密材料包裹，使果蔬和同围的气体不能进行交流，而果蔬能够依托自身的呼吸作用，使储藏环境的气体含量达到适宣的标准住；也能够适当冲入气体，来维持各种气体的平衡。然后便是接连气调法，这种办法是指通过检查仪器，对冷库内部的气体含量进行检测与调整，冷藏集装箱内部的各种气体的成分与设定的标准相一致。

冷藏集装箱也被人用来改做住人活动板房，因为稳定、环保节能、组合灵敏、拆解便当，常用于工地上的工人暂时寓居运用在局部中央也能看到用于野外作业用房，这时候尤其要注意防火。而冷藏集装箱的防火需做好以下几个方面。一是增强集装箱内人员管理，电源统一管理；二是严禁电线私拉乱接、运用大功率电器；三是集装箱内的线路需停止套管处置；四是人走电断，电器设备运用后需断电四是增强工人消防平安认识。

使用二手冷藏集装箱运输时，安全稳定性非常重要。二手冷藏集装箱往往很重，人力抬不动，因此在运输过程中满足起重设备和其他运输设备的要求。它也是因为它的重量，经常造成沉重的心脏中运输设备的不稳定，因此需要在边缘角落使用保护包装，防止容器被挠，从而引起变形情况。