冷藏集装箱架构都是由镀锌钢制作而成的，集装箱内部是由复合板和铝板想结合的具有非常好的隔热效果，能够保存好集装箱内部的冷气。冷藏集装箱内部的温度按照国际惯例是在-30度到12度，如果运输的是肉质食品就可以将温度调低冰冻起来，如果运输的是水果之类的温度就不能太控制在5度上下即可。

目前冷藏集装箱箱内空气循环是由蒸发器风扇驱动为主，冷空气受热上升这一对流原理为辅而进行循环的。蒸发风扇把冷风从箱底通过T 形导轨吹出，通过货物侧壁的凹槽风道，箱门内壁凸条形成的风道，吸收外界传人的热量，冷风受热上升，通过箱内顶板和货物上部形成的回风通道被吸人蒸发器风扇，经过蒸发器时吸收冷量，温度降低，形成冷风。再从箱底吹出。周而复始地循环，就能降低或者保持箱内温度了。这一类从冷机下部吹出冷风的形式被称为下出风。下出风的冷藏箱由于箱内空气自然对流和强制循环一致，气流稳定性好。同时，吹风通道是利用冷藏集装箱本身具有的T 形地板，不占空间，装货容积大，获得了越来越广泛的应用。近20 年来，所建造的冷藏箱基本都是下出风的冷藏集装箱。

二手冷餐集装箱采用船舶漆（环氧富锌底漆）防腐，对集装箱体的电化学锈蚀有着良好的预防作用。由于漆中含有大量的锌粉，均匀喷涂在箱体表面后会形成一层锌的保护层。由于锌的金属性比铁强，所以锌会先于铁发生氧化锈蚀使铁得到有效的保护（原电池的阴极保护原理）。即使漆膜破损，在破损处周围的锌层依旧可以对破损处提供有效的防护作用，大大的缓解铁发生锈蚀的过程。使用环氧富锌底漆时，对面漆的选择性更广，能适应多种性质优良的防锈面漆，加强对化学腐蚀物质的隔离作用。