冷藏集装箱在冷却过程中经常发生故障，造成这种故障的原因很多。例如，冷藏集装箱在运行时设定的温度与人工实测的温度相同，但冷武箱温度记录表盘显示的温度和前者相差很大，表明温度感温探测器出现故障。虽然还有其他故障原因，但不管是什么原因，都要准备检查和维修。

冷藏集装箱租赁的灵便租用方式在花费上类似长期性租用，在应用上与短期内租用类似，可灵便应用。这类租用方法租赁期一般为一年。在海运集装箱运输量大，运营航道较多且来往返运输量不平衡的状况下，选用这类租用方法能较为非常容易融入转变，是一种很有价值的租用方法。

利用冷藏集装箱运输水果时，应考虑水果的呼吸作用和乙烯的催化作用，控制冷藏集装箱内的温度。气体法是一种比较普遍的方法，它意味着用气密材料包裹果蔬，使果蔬不能与同一种气体交流，果蔬根据自身的呼吸作用，使贮藏环境的气体含量达到适当的标准。可以适当地跳入机身，保持各种机身的平衡。其次是连接基调法。该方法是指通过检测设备检测并调整冰箱内部的气体含量，以使设定的基准与冷藏集装箱内部的各种气体的成分一致。